顺治十八年(1661年)顺治帝驾崩,享年二十四岁。
顺治十八年(1661)正月初二,顺治皇帝安排吴良辅出家为僧。这天他亲临悯忠寺观看吴良辅出家仪式。归来的当晚即染上天花,发起高烧来。他预感病体沉重,势将不支,初六日深夜急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉入养心殿,口授遗诏。王熙、麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内,以初七一天的时间撰拟。一共三次进给皇上预览,皇帝三次亲自斟酌,刚到晚上才决定。 当夜,年仅二十四岁的顺治帝与世长辞了。福临晏驾后,麻勒吉及侍卫贾卜嘉二人手捧遗诏去奏知皇太后,马上向诸王贝勒贝子公大臣侍卫等人宣布。遗诏立八岁的皇三子爱新觉罗·玄烨为皇太子,继帝位,命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。
遗诏实为罪己诏,共罗列十四条罪过,主要是未能遵守祖制渐染汉俗,重用汉官致使满臣无心任事,几乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政绩。至于这是否福临本意,即这十四条是否福临过目批准的已无从知晓。但却留给了后世之疑:遗诏公布前先奏知皇太后;遗诏的主要起草者王熙事后对此守口如瓶。因此,人们有理由说遗诏本出太后授意,确实是母亲责备儿子的话。
福临崩后,梓宫放在了景山寿皇殿。四月十七日,由再次进京的茆溪行森执行火化仪式。火化后宝宫(骨灰罐)安葬于遵化马兰峪,是为孝陵。庙号世祖,谥号章皇帝,后世累有尊谥,至乾隆元年(1736年)尊谥加为二十二字:体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。