研究所现设果树资源研究与品种改良中心、果树栽培与植保研究发展中心 、果品贮藏加工研究发展中心、西瓜甜瓜研究发展中心 、果树生长发育调控研究发展中心、果树瓜类生物技术研究中心和果树瓜类信息资源中心 、此外专设郑州科丰脱毒种苗有限责任公司 、农业部果品及苗木质量监督检验测试中心(郑州)和试验农场,在所外设有若干试验基点；还设有3个职能管理部门和1个后勤服务部门。截止2005年底，已取得科技成果151余项。国家果树种质资源桃圃、葡萄圃建在本所；中国园艺学会西甜瓜专业委员会和全国西甜瓜协会挂靠本研究所。
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