区别大了，自由贸易区是经济上的行政区域划分，比如中国-东盟自由贸易区。它是中国和东盟按协定好的贸易方式，税率来进行贸易的。出口加工区是由国务院批准在某个地区设立的具有保税加工功能的特殊监管区域。实行封闭式监管，电子账册管理。区内可以经营加工、仓储、运输行业。跟保税仓库，保税区，保税港区同属于特殊监管区域。
1功能不同2受惠产品范围不同
