档案不在公司所在地没有什么影响,公司可以照样给你缴纳保险。只是最后解约的时候公司会给你一些解聘备案的资料,你需要把这些东西放在你的档案里面,这些关系到以后领取养老保险金还有档案登记。
你先抽空看看国家劳动法,企业给员工购买五险一金是必须的,这是国家强制规定的,跟你的档案存放毫无关系。当然,如果你是国企,可能要存放在国企规定的档案托管中心。