其实早就已经有太多提示了，你们竟然视而不见，你们都被坏人的伪装欺骗了。其实黑衣人的真正首脑，就是一直隐藏在柯南他们身边的阿笠博士，Doctor Lee。
我一直以为是毛利叔叔，虽然我很崇拜他，但是那天细心分析后我突然发现，原来真正的凶手竟然是憨厚的：阿笠博士。可能有人早怀疑：
为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦？
为什么新一的父母不关心儿子的情况？
为什么工藤优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落？
为什么阿笠的发明很强但是不出卖，且从来不工作也不缺钱花？
为什么他想要什么资料都能够找到？
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用？
为什么只要柯南他们和阿笠出去野营就会遇到危险？
包括哀的出现都很可疑，当时只说哀晕倒在阿笠家门口。
其实事情是这样的，优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织，以小说家的身份为掩护，秘密调查，发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家隔壁住，并且从小培养新一开车、打枪和推理能力，并派新一和阿笠混熟，想借此侦察一些情报，于是新一在不知情的情况下被利用了。
当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，要不然难道GIN他们是因为喜欢才坐过山车的吗？在吸引新一注意以后，他们假装交易，阿笠扮演的就是那个交易的商人，一切不露痕迹，于是新一也就被他们变成了柯南。于是阿笠顺理成章的成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成为了阿笠手中的人质。
当时新一的父母第一次出现那集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠用柯南作要挟，要他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感觉受骗，受到伤害，只能同意阿立的要求，不再回到曰本。所以你们看优作只有在103 集的时候回过曰本，还是变妆的，不能让阿笠发现。为什么阿笠认识灰原哀的父母？其实APTX-4869就是阿笠和哀的父母联合开发的，而成功以后哀的父母意外身亡。
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用。但是，突然一天，优作和有希子突然潜回曰本，和柯南(103~104集) 秘密接触，让阿笠感觉受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边，那就是哀。灰原其实是APTX-4869的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反，产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生以后，哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选。
为什么柯南从来没有被骚扰过，就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下，根本必要监视。其实警界奇才特别行动人员毛利小五郎，也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击妃英里事件只是借口，所以后来暮目说毛利总把他们引向歧途，其实是毛利掌握了案件的真相，只不过暮目不理解罢了。
毛利和优作两个年富力强的超人侦探，一直跟阿笠及黑衣组织周旋，可怜新一和服部这几个小毛孩子都不知道，还以为自己是什么明星侦探，真的很可笑。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太为晦涩，所以没几个人看出来。其实“阿笠”这两个字，如果拆解成“阿竹立”，用曰文反过来拼写，就是拉丁文里面的“莫里亚帝”，所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授
流传的《名侦探柯南》大结局十五种
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶（一个男孩），取名为工藤柯南……
（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶（一个女孩），取名为工藤志保……
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶（一个女孩），取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……
（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
cv}8 2^_
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 ,\ &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
另一种：（一）
柯南和灰原哀再次躲过了黑衣组织的追杀，两人在阿笠博士家回想着这些天以来的事情。灰原提出，每次黑衣组织都有机会将他们两个人灭口，可是为什么一次次地让他们想尽种种办法逃掉？柯南已经隐隐的感觉到，整个黑衣组织的幕后黑手已经现身，也许就藏在他们的周围。而就在这时，一起持枪抢劫的案件发生在了米花街，而被劫持的正是毛利兰和他的父亲——昏迷不醒的小五郎。
柯南大惊失色，而目暮警官的手下佐藤和高木也来到了阿笠博士的家中。通过现场传达的消息，绑匪的目的不是钱，更不是什么珠宝，而是让柯南和灰原哀前去交换人质，否则毛利父女的性命不保。
人命关天，柯南和灰原带上了博士新发明的道具，前去交换人质。毛利父女安然无恙，小五郎只是被乙醚弄晕了而已。只是柯南和灰原却与绑匪们不知了去向。
一条秘密的通道里，四个人——两个绑匪和柯南、灰原哀穿梭在其中。一道大门打开，光线照射进了柯南的眼中，他惊奇的发现，此处不是别的什么地方，而正是柯南——工藤新一的家。
第一个绑匪解下了面具，是波本——茱蒂老师一再警告柯南的又一个黑衣组织的成员，而另外一个绑匪也解开了面具，居然是工藤新一的母亲——有希子！
（二）
有希子从柯南和灰原的身上拿掉了博士给予他们的道具，阿笠博士和佐藤、高木、目暮警官等人顿时没有了信号而倍感焦急。波本掏出了毛巾，擦掉了脸上的一层皮。工藤新一的父亲——工藤优作帅气的面容展现在了柯南的眼前。
柯南不敢相信眼前的一切，灰原哀更是目瞪口呆。柯南问他的父亲是不是黑衣组织真正的首领，优作默认，而且说明自己化名为“波本”来到了这里，目的就是为了制定这一次的抢劫事件。柯南并不理解这一切到底是怎么回事。有希子拿出了APTX4869的解药，柯南和灰原哀服下后，重新恢复成为了宫野志保和工藤新一的身材和面容。
优作承认自己的所作所为吓到了柯南，但同时他也向柯南说明了自己这样做的目的：其实在17年前，工藤新一还未出生时，有希子的隐退一直是困扰着他的一个谜团，后来根据有希子的情报，她在一次宴会上偷听到说，美国企图运用一切能够达到的方式来控制整个世界，在亚洲首先就是要征服日本，但是这个目标非常的漫长，又非常的棘手。心直口快的有希子在没有惊动别人的情况下告知了优作，优作凭借着种种便利向日本天皇和首相报告了这一信息。首相据此秘密地下了一道命令，为了抵御美国的侵略，要优作和另外几个人一起帮助首相实行一项计划，这个秘密仅仅只有几个人知道：首相本人、工藤优作，另外的两个人是黑羽盗一和目暮十三。
问题补充：（三）
根据协定，首相负责最隐秘的部分，盗一通过自己的神通广大来窃取一切可以的情报，目暮十三进入警局（他已经是警察，所以很方便），工藤优作则通过自己小说家的身份来行动。四方商定，如果有一方事情败露，则必须消失。而黑羽盗一在一次行动中不慎暴露了身份，被迫自杀，而留下了年幼的儿子黑羽快斗。但快斗一直不知道父亲真实的身份，所以并不知情。
这样，经过十多年的时间，美国方面迟迟没有动静，日本本土看似平静，实则隐藏着危机。工藤优作所发展的黑衣组织也已经基本成形。在他的努力下，有几个人决定终身跟随优作，他们就是琴酒、伏特加、贝尔莫特、宫野明美等人。可是在一个晚上，当优作的黑衣组织在进行定时定点联络交易的时候，却被工藤新一逮了个正着。万般无奈之下，琴酒遵循优作的命令，将组织开发出来的毒药APTX4869给新一服下。优作痛心疾首却也无可奈何，所以为了避免组织出大乱子，便派出智商最高的琴酒和力量最大的伏特加予以跟踪新一。
我这儿倒有一个 我认为比较完美的大结局~~~~
亲看看吧~~~
第一章：新一回来了。
一年一度的空手道大赛开始了，体育馆内人山人海，墙上挂着一条巨大横幅：某某年度空手道大赛。参赛者有毛利兰、京极真等明星。
场外，柯南拉着哀及匆匆地向场内跑，哀看不惯柯南为了兰的比赛如此着急，私底下闹别扭，害得柯南费了点工夫，才将她拉进赛场。当他们赶到时，正好赶上兰上场。
“好，漂亮！”当兰一个漂亮的过肩摔击败对手时，柯南不禁欢呼起来，而旁边的哀，却望着他叹气，她明白，他最在乎的还是兰。这时，柯南与哀还不知道，黑暗组织正在逼近当中。
比赛结束，兰又得了优胜，这使柯南想到了一年前。柯南转身对哀说：“灰原，我想拜托你一件事。”
哀微微一笑，说：“你不用说了，我给你就是了。”
几分钟后，兰的休息室门外，站着一位叫“工藤新一”的少年，他还清楚的记得，一年前兰得到了优胜，他约她一起去热带乐园。今天，她又得到了优胜，他准备再约她去热带乐园。
“笃笃”，他敲着门。“谁呀？”里面传来兰温柔的声音。
“兰，是我。”
“新一？”兰不敢相信自己的耳朵，她打开门，看见门外站着一位少年，依然那么帅气，那么阳光。这个少年就是她苦等了一年多的工藤新一！
兰惊呆了，以为自己在做梦。“新一，真的是你吗？”
“兰，你怎么问这种傻问题，是我，当然是我，我回来了。”
“新一！”兰扑进新一的怀里，就在这时，她感受到了新一那熟悉的体温。她绝对想不到，眼前的新一是吃了哀的临时解药才从柯南变回来的。新一明白，当他消失后，又会给她和自己带来痛苦，但他实在顾不得了，他太想兰了，尽管他每天都在她身边。
这时的兰很幸福，新一也很幸福，但他绝对想不到，他的身份即将曝光。
第二章：热带乐园里的身份曝光
次日，热带乐园里。
“兰，我们再去坐云霄飞车吧，从那天我变小??哦，不对，是我走了之后，我们就再也没玩过。”
“好。”兰挽着新一，那是一种多么熟悉的感觉啊。
“新一。”兰似乎想起了什么，“你今天怎么不讲福尔摩斯的故事了？”
新一拉着兰的手，“今天是咱俩的约会，讲那些多扫兴啊。”新一含情脉脉地说。
“咱俩？约会？”兰的脸红了，赶紧低下头来，新一轻轻地在兰的手上吻了一下，兰的脸更红了。
下了云霄飞车，新一突然感觉全身发热，胸口异常疼痛，他感觉不妙，之后才反应过来??药效已经快没有了。
“新一你怎么了？很难受吗？”兰看到新一满头大汗，十分痛苦的样子，关切地问。
“兰……不行，不能在兰的面前变回柯南。”新一想。这时，他想到用******让兰睡着，可是昨天换衣服太匆忙，手表型******没有带来。
“完了……”新一喃喃自语，他感觉视线越来越模糊……
第三章：“我爱的是兰”
新一睁开眼睛，立刻意识到这是自己家，床边站着脸色苍白的兰。而自己的衣服也松散开来，兰颤抖着递给他一副眼镜??阿笠博士发明的眼镜，他明白，自己已经变回了柯南。
“兰……”
“为什么要骗我，为什么！”兰含泪跑出门。
“兰！兰！”柯南不顾一切的追上去。
今晚的月亮格外明亮，月光下的兰，显得格外清秀、美丽。她站在路灯下，喃喃自语：“新一就是柯南，柯南就是新一，为什么，为什么要骗我！”兰的声音冰冷的，没有了往日的温柔，这哪里是平时那个温柔体贴、善解人意的兰？她显得既绝望又无助，她说的每个字，都刺进了柯南的心扉，他从未这样心痛过。
兰在月光下失落的走着，就这样走到了事务所。
“兰……”一直悄悄跟着她的柯南现出身来，兰丝毫不理会，跑上楼，将门锁上。
事务所里一片漆黑，没有了柯南天真的笑声，爱喝酒的老爸也不知道去了哪里，这更增加了兰的孤独。就在白天，新一牵着她的手，她是多么幸福啊！可现在……
她知道，新一就在门外，但那是柯南的身体，她不想见他。自新一失踪，她时刻盼望见到他，可是此时此刻，她竟不想见他，这个意外太大了，她做梦也没想到，自己朝思暮想的新一，竟一直都在自己身边。
“兰，开门啊，听我解释！”柯南在门外大喊。可兰不予理会。她躺在沙发上，想到柯南曾经饿着肚子倒在这张沙发上等她回家，就在那时，她摘下了柯南的眼镜，才发现他像极了新一。她满脑子都是柯南，她甩了甩头，希望能让自己不再想着柯南，可她越甩，柯南的身影就越清晰，那一声声“小兰姐姐”还在她耳边回响。
门外的敲门声停了，兰起身开门，街道上空无一人，柯南也没了踪影，兰走出门，在空荡荡的街上徘徊。良久，她停下脚步，一抬头，竟发现自己站在新一家门口，莫非这是天意？这时，她听见隔壁阿笠博士家有动静，便走过去看看。
刚到门口，就听见地下室传来柯南的怒吼，着实把兰吓了一跳：“灰原，真正的解药呢？我知道你有，给我！”
“工藤，你那么急干什么，我不是说了嘛，我还没做出来。”
“胡说！你看看你手里拿的是什么？小学一年级的课本，以你的个性，如果没有做出来，怎么会有闲情逸致看这个？”
“真不愧是名侦探工藤新一，平成年代的福尔摩斯，什么都瞒不过你。不错，解药我是做出来了，不过我并不打算给你。”
“为什么！灰原，你疯了吗，你知不知道，我今天当着兰的面，从新一变成柯南，这带给她多大的打击啊。”
“兰，兰，兰！你的心里只有兰，你有没有想过我的感觉！”平时冷冰冰的哀突然大喊，眼睛里满是泪水。
“什么？”
“工藤，其实我喜欢你，我想这样永远和你在一起。”
“灰原（哀）喜欢我（新一）？”柯南和门外的兰都大吃一惊，想不到哀……
“工藤，我以为，我以为你变小后，我就可以留住你的心，我……”哀已泪流满面。
“灰原，我喜欢兰，我不能负她。”
“工藤，难道你从未喜欢过我？难道一直是我自作多情？你也才刚喜欢兰不是吗？你为何不能看看我的好？”
“灰原，你是个好女孩，我一直把你当朋友，但我对兰的心是不会变的，你不知道，几乎从我认识兰的那天起，我就喜欢上了她，喜欢她的温柔，喜欢她的倔强，喜欢她对我的好，喜欢她一切的一切……”
“工藤。”屋内，哀泣不成声。
“新一。”屋外，兰也泣不成声。
第四章：与黑暗组织的对决
“好。”哀终于说，“工藤，我给你解药，我成全你！”说完，从抽屉里取出一棵解药。几分钟后，从更衣室走出一位少年??工藤新一。
正当兰感动的时候，从黑暗中伸出一只手。几秒中后，新一与哀听到门外传来一位少女的惨叫声，新一听出来了，那是兰！新一拉着哀跑出门，刚出去，有一名黑衣男子趁其不备抓走了哀，当新一反应过来时，那些人早已无影无踪了，地上只有一张纸条：要想救她们，三天后到帝丹高校的仓库中去。
“什么？兰被抓进了学校？”新一大惊。
“喂，是服部吗？我是工藤，你赶快来东京，带着和叶也没关系，总之快来！”说完，新一挂了电话。
大阪。
服部望着电话，感到有些莫名其妙。
“哎，平次，是谁打来的呀？”和叶问。
“是工藤，这家伙有点奇怪。快，和叶，我们去东京。”
“哎，平次，现在是晚上，你怎么去啊，再说你也应该把晚饭吃了呀……”
第二天，服部和和叶到了东京。当服部见到工藤时，吓了一跳：“工藤你……”
新一小声说：“我已经变回来了，兰知道了我的真实身份，现在她和灰原都被组织抓去了。”
“啊？”服部大惊。
三天后。
新一、服部、和叶三个人来到帝丹高校的仓库，只见兰、哀都被绑在柱子上，令新一吃惊的是：哀已经变回了宫野志保（怎么变的呀），她们的旁边站着一群黑衣男子，为首的正是Gin。
“工藤新一，你终于来了，这两个是帮手吗？”Gin不屑地望着服部与和叶，“不过，他们起不了作用。
“放了兰和宫野小姐！”新一吼道。
“工藤新一，我可没时间和你聊天，我给你一个选择，雪莉和那个女孩你只能留下一个和你一起活着，另一个就只能死。”（读者：琴酒有那么无聊吗？他还会留活口吗？作者：呵呵，剧情需要）
这真是让新一万般为难。兰和志保，一个是他深爱的女孩，一个是深爱他的女孩。
新一经过一番内心挣扎，终于缓缓的抬起头，他的表情显得难过、悲伤、痛苦，和平时那个自信满满、目光坚定的名侦探简直判若两人。
“给我留下，宫野小姐。”新一的话使在场的人，包括琴酒，都震惊不已。
和叶忍不住大喊：“工藤，你太没良心了，兰为你做了那么多，你怎能负她！”
“不，我决不负兰！”新一露出了一个仿佛看透生死的微笑。
服部察觉到不对劲，忙说：“工藤，你要做什么？”
“兰，记得当时你负责拆森谷帝二在米花影院安装的炸弹时（详见剧场版一《引爆摩天楼》），我对你说的话吗？”
这时，兰的耳边回响起当时新一说的话：“兰，我会一直陪着你的，如果不能同日生，那我们就一起死吧。”（作者：因剧情需要，台词稍有改动）
“新一……”这时，兰也察觉到不妙了。
新一说道：“宫野是我的恩人，我无论如何不能让她死，我要报恩哪，所以我选择让兰死，而我，就只能陪兰一起死了。”说罢，新一举枪对准头部。（枪哪里来的？）
这时，服部、和叶、兰、哀几乎同时大喊：“不要啊，工藤（新一）！”这时，突然飞来一张扑克牌，打落了新一手中的枪。接着，一个白色的身影从天而降，趁组织不备，救下了兰与志保，他就是怪盗KID。（拜托，KID怎么知道他们有难？再说他那么轻松就从组织手里救下了两个人，也太神了吧。）
“好啊，KID，你竟然也背叛组织。”琴酒说道。
“啊？基德你……”新一大惊，特别是听到“背叛组织”这四个字。
“我父亲黑羽盗一是组织特工，因此我一出生就成了组织的人，后来父亲被组织所逼迫而自杀，我便决心为父报仇。我之所以到处偷宝石，就是为了比组织更早找到那颗组织最想得到的宝石，如果那宝石被组织所获，将有更多人死在他们手上。”
“啊，原来是这样，原来KID……”新一竟开始同情他了。
“一切都结束了。”琴酒突然说话，把大家吓了一跳，大家似乎忘了，黑暗组织的人就在他们面前。“你们放心，我会让你们死在一起的。”琴酒冷笑道，“那么从谁先开始呢？”
“从你先开始！”站在一旁的志保突然大叫，转身拾起掉在地上的新一的枪，用它对准琴酒开了一枪。说时迟那时快，子弹射中了琴酒的心脏（真不愧是志保）。然而就在琴酒倒下的一瞬间，他手中枪的子弹射向了新一。
“新一！”兰大叫一声，接着，竟然奋不顾身，整个人挡在新一的面前。就这样，子弹射中了兰的腹部。（我差点把“腹部”打成“服部”）
“兰！”新一大叫，可他无能为力，只能眼睁睁的看着兰倒在自己的怀里。
“兰，兰……”新一失声痛哭，这是他生平第一次流泪，“兰，你不能死，我还有好多话要对你说，你不能丢下我先死啊，醒来啊，兰！”
夕阳的余晖洒在新一和兰的身上，兰就这样，满身是血的倒在了新一的怀里……
第五章：神秘的转学生
一周后。
新一正在家里懒洋洋的刷着牙，昨天刚出院的兰敲着门说：“新一，快点，上学要迟到了。”
“知道了，小兰姐姐。”
“啊？你叫我什么？”
新一这才反应过来：“啊，不对，是兰。”
“你正经点嘛，新一。”
几分钟后，新一叼着一片面包出来了。
“呀，是工藤同学耶。”刚进班级，一些女生就在悄悄议论。
“嘿，工藤，刚回来夫妻俩就一块儿上学呀！”男生们起哄道。
“走开！”新一大喊。那些男生赶紧跑开了，一边跑还一边说：“老公打人咯。”其实比起新一，大家更怕兰的空手道。
上课了，大家赶紧回位坐下，老师走进来，对大家说：“今天咱们班上转来了两名新同学，大家要和睦相处。第一位是：白马探同学。”
“白马探？谁啊。”新一心想。
白马推门而入，所有女生都尖叫起来，因为他长得太帅、太可爱了！
“我看你坐在工藤同学的后面吧。”老师说，（不会那么巧吧）“下面为大家介绍另一位同学。”
话音刚落，一个清纯、阳光的女孩走进教室，所有人（包括新一）都惊呆了。这个女孩简直太美、太可爱了，而且有些酷似大明星工藤（藤峰）有希子。而新一吃惊的原因可不是这个，而是因为这个女孩就是那个久居中国的他的……
“大家好，我叫夏美，我虽是日本人，却长年居住于中国。”女孩用她美丽的外表、优雅的举止、脱俗的谈吐，迷倒了班上的男生，包括白马。（他不是对女生不感兴趣吗？）
“你坐在白马同学旁边好了。”老师又说。这时，全班男生怒视白马，特别是新一，他怎么能允许夏美坐在这个很像花花公子的人的旁边呢？可这一举动，引起了兰的误会。她暗自猜想，这个夏美到底是什么人。
放学了，兰像往常一样，走到新一身旁：“新一，我们一起走吧。”
可新一的话使小兰异常震惊：“兰，你一个人走吧，我要和夏美一起走。”说完，两人有说有笑地走出了教室，只剩下兰独自一人站在教室里。
第六章：小兰的误会
第二天早晨，兰照常去新一家，为他送早餐。可刚到门口，就见新一手里拿着一片面包（以前他都是用嘴叼着的，这是他早餐后的习惯），和一个女孩有说有笑的走出了门，那个女孩，就是夏美！兰彻底崩溃了，夏美已经取代了她在新一心中的地位。望着他俩的背影，兰叹了口气，不经意之间，一种透明晶亮的液体滑过兰的脸庞，滴落在她天蓝色的校服上……
连续几天，兰不再理睬新一，她竟然想成全新一和夏美。可新一却不明白，兰怎么总对他不冷不热的。在万般无奈之下，他只好去问那个八卦园子。
“园子你说兰最近怎么了，为什么总是对我不冷不热的呢？”
“呦，你不是大侦探吗？连这个都没看出来。”园子还是这样，就爱损人，这也是新一不愿和她讲话的原因之一，要不是为了兰，他才不会来找园子呢。
“园子你别卖关子了，快告诉我。”
“还不是因为那个夏美吗？”
“夏美？”新一有些莫名其妙。
星期天下午，公园里。
白马和夏美坐在一张长椅上。
“白马同学，你特意约我出来，有什么事吗？”
“夏美，我……”白马突然不说话了。接着，他拿出一束颜色鲜艳的玫瑰花。“夏美，你就像这束玫瑰，永远的绽放着，娇艳、美丽。我……我喜欢你，和我交往吧。”（受不了，白马就是直接）夏美羞涩地点了点头。
这时，兰和新一突然出现。“喔，原来白马同学‘也’喜欢夏美啊。”看到新一在旁边，兰故意把“也”字拉得很长，新一这才恍然大悟，原来这就是兰不理自己的原因啊。
“白马同学……”
“怎么，你还叫我‘白马同学’？”
“啊，探……探。”夏美红着脸说。
“这才对嘛。”（拜托，真恶心）
“我们该回去了。”夏美说。
“是啊。”白马附和。（这是白马吗？）
“回去的路上注意安全啊。”新一提醒夏美。
兰看见新一那么关心夏美，扭头就跑。
“兰！”新一赶紧追上去。
第七章：意外
“兰，你听我解释！”新一边追边喊。这时兰已经跑到了马路上，新一紧随其后。旁边的信号灯已转为绿灯，两边的车辆一下子全涌过来，兰已经越过了斑马线，可新一却……
随着一声刺耳的刹车声，兰本能的回过头，却看见新一倒在血泊之中
“新一！新一！”兰奔向已经昏迷的新一，“拜托，谁来救救他呀！”这时一个好心人将新一送到了医院。
新一即将被推进手术室，他的呼吸急促而微弱，还伴着兰的喊叫：“新一，你不能死啊，老天，求你，别让他离开我，我不能失去他啊！”
一小时后，特护病房内，新一静静地躺着，兰的耳畔回响着医生的话：“他伤得很重，能活下来已经是个奇迹了。”
这时，新一缓缓地睁开眼睛，轻轻地说了声：“兰……”声音虚弱而无力。兰看到新一这样，很是心疼，但对他的气还没消，看到新一醒了，便要转身离开，可刚转身……
“小兰姐姐，别走。”兰听到这句话，像触了电似的回过头。
“小兰姐姐，听我解释……”这很明显是柯南的语调，可却是用新一的声音说出来的。
兰再也忍不住了，扑进新一的怀里，新一不说话了，静静地闭上眼睛休息，刚才那句话似乎已经用尽了他所有的力气。他太虚弱了，虚弱得讲不出话来如果刚刚兰走了，他恐怕又要昏倒了。
病房的门被推开了，门外站着的是刚从美国回来的新一的父母工藤优作和工藤有希子，此外还有一个人??转学生夏美。
“新一……”有希子心疼地看着病床上的儿子，叹了口气，优作安慰似的拍了拍她的肩膀。
夏美走到病床前，拉着新一的手说：“哥哥，爸妈来看你了。”
这个称呼着实把兰吓了一跳：“夏美，你……你叫他什么？”
“哥哥呀，怎么了？”夏美一头雾水。
“你是他妹妹？”
“是啊，你不知道，哥没告诉你我是他久居中国的妹妹工藤夏美吗？”
兰大惊，原来她误会新一了，原来新一那么关心夏美是因为……是她害了新一。想到这儿，兰扑进他的怀里，向他道歉。
“兰，我不怪你，真的，你会吃醋证明你在乎我，我真的很高兴。”新一有气无力地说，并用浑身力气露出一个微笑，看着新一那苍白的脸，兰真的好心痛。
在兰及夏美的精心照顾下，新一终于出院了，白马和夏美也进入了热烈的相爱之中。
第八章：永结同心（结局）
三年后，年满20岁的六对情侣在樱花飘落的地方许下了永远深爱对方的承诺……没错，他们结婚了，就在高中毕业之后。六位帅气的新郎，六位美丽的新娘，在天地地见证下立下了海誓山盟。
又过了六年，六个六岁的孩子在草地上嬉戏，他们分别是：工藤新一和工藤兰的儿子工藤秀男，服部平次和服部和叶的女儿服部绫，黑羽快斗和黑羽青子的女儿黑羽灵，白马探和白马夏美的儿子白马裕树，赤井秀一和赤井志保的女儿赤井云，以及京极真和京极园子的儿子京极风。而此时，六对年轻、甜蜜、幸福的夫妇正微笑着看着自己的孩子。
就这样，又有三对青梅竹马诞生了：工藤秀男和服部绫，白马裕树和黑羽灵，赤井云和京极风。就让他们像他们的父母一样，一起上学，一起生活，一起相处去吧！
怎么样~~~( ^_^ )不错吧~~~~ 呵呵！~~
你知道吗
现在还没有出结局的迹象，柯南完结之日没影啊～
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024