嘉鲁帝亚王国建国千年庆典上，在“莉妮广场”一角，少年克罗诺巧遇一位名叫玛尔的少女。两人一起逛着庆典，突然看到克罗诺青梅竹马的好朋友露卡，正在介绍她发明的物质传送装置“传送门”。然而传送门突然失控，将出於好奇心而站上实验台的玛尔卷走，消失在次元的洞穴中。克罗诺捡起玛尔留下的项坠，追在她身後跳进了次元的洞穴，没想到来到了400年前的世界……奔向被忘却的过去、遥远的未来,以及时间的尽头……为了拯救星球的命运，一场宏大的冒险就此拉开帷幕。
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