法兰螺栓孔可以分布在中心线上的。
法兰螺栓：由六角头部和法兰盘（六角下面的垫片跟六角固定在一起的）和螺杆（带有外螺纹的圆柱体）两
部分组成的一类紧固件，需与螺母配合，用于紧固连接两个带有通孔的零件。
这种连接形式称螺栓连接。如把螺母从螺栓上旋下，又可以使这两个零件分开，故螺栓连接是属于可拆卸连接。
分类
1、六角法兰类型：六角头有两种，一种是平脑的，另一种是凹脑的。
2、表面颜色类别：根据不同需要，表面有镀白、军绿、彩黄、另永不生锈的达克罗。
3、法兰类别：根据法兰螺栓的使用地点不同，盘的大小要求都各不相同，另有平底和带齿之分，带齿的起防滑作用。
4、按连接的受力方式,有普通的和有铰制孔用的.铰制孔用的法兰螺栓要和孔的尺寸配合,用在受横向力时。
另外为了满足安装后锁紧的需要,有杆部有孔的,这些孔可以使螺栓受振动时不至松脱.
有的法兰螺栓没螺纹的光杆要做细,叫细杆法兰螺栓.这种法兰螺栓有利于受变力的联结.
钢结构上有专用的高强度螺栓.头部会做大些.尺寸也有变化。
备注：目前市场上常用的国标号，GB5789(大头)、GB16674代替GB5787(小头)
法兰螺栓孔可以分布在中心线上, 但要法兰螺栓孔应跨中安装.
详见GB50235-1997 第6.3.6条及GB/T20801.4-2006 第10.2.3条
据我了解，应该是分别在节圆上的，至于你说的中心线上，未必不可以，不过法兰属于标准件，不是特殊件，如果不按标准作，更换的时候比较麻烦。除非更改标准。
如果作为特殊件来做，必须有相应的测试，确保各种性能达到要求才行。
可以的
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