桌面的是EXE文件？双击运行时是否能运行对应的程序？
如果能运行，则只是桌面的应用程序图标换了个样而已，这可能是你运行了或者装了什么程序后影响到桌面程序的图标。
如果不能运行，弹出的选择运行方式，这可能是中毒了，系统启动后，把病毒或什么程序也启动了，所以修改了你桌面程序的运行方式，而在安全模式下不加载该病毒或什么程序，所以看见的就是原样。
留意下你之前装了什么程序没有，把那程序卸载了看是否变回来，如果不行，建议杀毒，使用工具清除垃圾文件，清除注册表无用项
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