1、土壤中缺磷。由于磷素不足，玉米碳水化合物的代谢受到破坏，因为叶片内积累的糖分过多，形成花青素，从而导致叶片变紫。
2、土壤通气透水性差。由于地势低洼，积水受涝或地面板结，导致玉米根系发育不良，因而引起玉米幼苗发红或发紫。紫苗在低温、板结和排水不良的地块上出现的较多。
3、低温。玉米出苗后，如遇到低温，根系发育不良，降低了吸收磷的能力，同时低温导致土壤有效磷的有效性降低，也常常会使玉米叶片变红或变紫。
此外，造成玉米紫苗的原因还有田间低洼积水，地下害虫危害，土壤过于黏重，播种过深或过浅，以及施肥不当引起的烧苗，药剂处理不当等。
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