第一步，你先使用mkvtoolnix工具把mkv中的视频、音频、字幕提取出来，
第二步，使用mp4box 进行混流，加入刚才解包的视频、音频、字幕，默认混流即可
ffmpeg -i input.mkv -vcodec copy -acodec copy -absf aac_adtstoasc output.mp4
可以试试ffmpeg
看样子是你的程序不兼容或是安装错误，从新安装下。这种视频转换软件，网上很多的，比如格式工厂。
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