真菌在甲板生长后可分泌蛋白酶分解角质，破坏甲组织，导致甲形态、质地、颜色改变，其代谢产物可刺激甲小皮、加床、甲皱襞等组织，形成一系列病理改变，严重者可致血管炎，引起指端坏死。 对于甲真菌病常存在误区，主要源于既往的抗真菌药物如灰黄霉素等常可引起肝脏损害。自上世纪末期，新型抗真菌药物的出现使甲真菌病的治疗出现了革命性的改变。这些药物进入人体后很快结合于角质组织进行杀菌或抑制真菌生长，极大程度上减少了对肝脏、肾脏的损伤。这些新型抗真菌药物的副作用和一般抗生素类药物已无明显差异。系统用药常用的药物有伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑、酮康唑等药物
灰指甲严重的可引起疼痛和不适，西安北方中医皮肤病医院专家指出患甲内肌肉暴露在外或被增厚指甲压制，一旦受到各种外伤，细菌易于长驱直入，从而引发甲沟炎甲床炎手指脓皮病等并发症。
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