作为一个系列,故事背景是最重要的联系手段,所以这次的红警II的故事发展紧密地衔接着红警I的背景。在红警I中,盟军击败了俄罗斯,并在俄罗斯建立了伪政权:罗曼诺夫政权。然而,盟军想彻底控制俄罗斯的幻想破灭了。罗曼诺夫将军不是他们想象中的那种卖国求荣者,而是甘于卧薪尝胆,忍辱负重的爱国英雄。他一边应付盟军的种种无礼要求,一边却默默地大力发展军事力量,因为他深知,对付侵略者最好的办法就是军事反击。终于,机会来了:墨西哥爆发内战,而盟军却不愿意为此大动干戈,就指派罗曼诺夫将军出兵镇压,以便大收鱼利。罗曼诺夫将军机智地利用了这个机会,他的军队没有按照盟军所意想的去镇压墨西哥内战,而是开入了盟军总部的美国境内。于是,一系列的军事报告送到了盟军总部:遍及全美的早期预警系统纷纷停机,罗曼诺夫的军队从墨西哥的北部进入了美国的加州,亚利桑那,以及德州,在一些苏军的前哨阵地,他们建立了神秘的高塔,随后,附近的居民出现了头疼,恶心的症状,有些目击者则报告说他们的邻居开始相互攻击。盟军不能想象他们一手扶植的伪政权竟敢背叛他们,于是露出了狰狞的面目,宣布动用核武器攻击俄罗斯。事与愿违的是,所有的洲际导弹都静静地呆在发射井中没有动静,原来是罗曼诺夫将军开发的新的技术起作用了。随后,盟军这才意识到了事情的严重性,而现在他们可以做的只是抵抗眼鼻子底下的罗曼诺夫将军的军队了。一场在美国本土作战的战争就此爆发,战场席卷美国的华盛顿,佛罗里达,德克萨斯,甚至蔓延到墨西哥,德国,法国……
游戏中,玩家可以象红警I一样地选择两个方面,盟军和俄罗斯。当然了,我们这些爱国人士一定是选择罗曼诺夫将军这一方的了!