A.了解炮弹的杀伤力,由于具有破坏性,应当使用抽样调查,故本选项错误;B.了解全国中学生的睡眠状况,人数多,耗时长,应当采用抽样调查的方式,故本选项错误;C.了解人们保护水资源的意识,由于人数多,普查耗时长,故应当采用抽样调查,故本选项正确;D.对载人航天器“神舟六号”零部件的检查,由于零部件数量有限,每一个零部件都关系到飞行安全,故应当采用全面调查,故本选项错误.故选:C.