1、功能不同（公众号功能围绕信息展示与营销，小程序面向产品与服务）微信与公众号在开发语言、设计规范、营销方式、审核机制等功能方面均有较大不同。公众号是一种账号类型，为用户提供信息与咨询发布平台，提供了一种新的信息传播方式，构建与读者之间更好的沟通与管理模式，结合H5以后公众号也能够提供一些简单交互功能。小程序主要旨在提供服务，相比公众号运行更流畅，能够提供更加复杂的产品与服务。公众号功能主要围绕信息传递与营销展开，小程序对营销功能进行了严格控制以与公众号区别，使得小程序的服务在使用体验与便捷性能够得到提升，不至于淹没在公众号过度营销信息中。
2、体验上的差别（公众号操作延时较大，小程序体验接近原生App）公众号中点击应用功能后顶部出现绿色进度需要等一段时间，对于业务逻辑复杂交互要求高的应用使用起来体验较差。而小程序将会非常流畅几乎无需等待，类似普通APP 操作一样流畅。主要原因是公众号没有本地缓存，所以每次打开都是会请求服务器刷新页面，造成延时较长体验下降，小程序对UI 与图片本地缓存，只需要对服务器请求交互数据，页面切换无需刷新，所以体验能够接近原生APP 的流畅程度。
同属于微信，但是小程序可以做线上商城，公众号可以作为引流推广的方法，两者兼并使用，效果最佳！
公众号和小程序都是依附于微信流量入口，他们本质的区别有：
1、公众号需要关注以后才能接收到提供的服务，小程序不需要关注
2、公众号可以推送文章和消息给关注的用户，小程序不可以主动向用户发送任何通知
3、关注的公众号在聊天对话列表中出现，而小程序需要通过点发现》小程序才能看到
4、公众号文章和H5链接可以分享到朋友圈，小程序不可以分享
5、公众号分享出去是一个长方形链接形式，小程序分享出去是卡片形式，大小约公众号的3倍
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