克罗恩病是一种以消化道表现为主的全身性疾病，由于其发病及病程涉及到多个学科，因此必须重视整体治疗。其内容应包括2个方面:一是多种治疗方法的整体治疗,需要药物、营养及外科等多种方法的联合应用；二是多学科整体治疗,克罗恩病治疗不仅包括消化科、胃肠外科,还需要病理科、遗传科、实验科的医师通力合作,如果能从病因学中找到治疗方案,则能显著提高该病的治疗效果。
