吴三桂将各地起义军及南明政权逐一消灭。清王朝授予他总管云南军民事务的大权，后来又兼辖贵州，其子吴应熊娶公主为妻。吴三桂在云南开藩设府，成了割据云南的土皇帝，后来逐渐和清政府的统一政策发生了冲突。清政府要求在新占领区行使中央统一的行政管辖权，在军事上裁减军队，减轻财政压力，这打破了吴三桂世镇云南的美梦。几年来吴三桂一直在处心积虑地经营自己的这一独立王国，其辖区内官吏可不经朝廷而擅自任免。各省缺员时，吴三桂则安插亲信，谓之西选。同时他还以重金收买在京的朝官及各省将吏为其效劳。
他四处搜罗人才，招纳李自成、张献忠余部，编练军队，积极备战，成了分裂割据势力的总代表。清康熙政府掌握了吴三桂动向后，做出了撤三藩的决定。三藩指镇守云南的平西王吴三桂，镇守广东的平南王尚可喜，镇守福建的靖难王耿精忠。
吴三桂得知后，联合其他三藩，于1673年发动叛乱，吴三桂自号“周王”、“天下都招讨兵马大元帅”。康熙帝历时八年才将三藩镇压下去。
在叛乱中吴三桂又打起了复明的旗号，反叛前率部下祭扫被其杀害的桂王之墓。后来，吴三桂在节节败退的形势下，又撕下复明的面纱，在湖南衡阳自立为帝，国号大周。在前线告急文书传来，吴三桂忧惧交加，不久病死了，终年67岁。
吴三桂死后，其部下拥立其嫡孙吴世蹯继位于衡阳，在清军的有力进攻下，吴世蹯节节败退，地盘越来越小，只得退回云南。1681年，清军攻破昆明，吴世璠被迫自杀，吴周政权从而告灭。
吴氏家族成员中，长子吴应熊在反叛之初被杀于北京，其侄儿辈也多战死。吴三桂庶子、妻妾，在吴世蹯死后被清军屠杀殆尽。后来吴三桂子孙逃往云南，少量逃往个个地方。
月寒秋竹冷，风切夜窗声。
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