主要是利用或协调有益微生物与病原物之间的相互关系，使之有利于微生物而不利于病原物的生长发育，以防治病害。如土壤和植物根际的大量微生物群与病原物之间的拮抗作用就常被利用于防治土传病害。由于不同作物根际的微生物群种类和数量有差异，因此轮作对调整土壤和作物根际的有益微生物以及病原物之间的相互关系有很大的影响，很多病害可以通过轮作减轻发病程度。此外，将一些化学物质施入土壤或植物根际也可刺激某些微生物的大量繁殖，从而抑制某些病害。
