一、两者征管税种不同：1、增值税；2、消费税；3、进口产品增值税；4、铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税；5、中央企业所得税；二、管理的体制不同。
一、因为我国实行的是分税制的体制，所以要有国税、地税两个税务机关；
1、分税制是一种财政管理体制；目前已在西方国家广泛采用，我国在清朝末期曾出现过分税制的萌芽；当今世界，实行市场经济体制的国家，特别是发达国家，一般都实行了分税制；
2、分税制是按照税种划分中央和地方收入来源的一种财政管理体制；实行分税制，要求按照税种实现“三分”，即“分权、分税、分管”。所以分税制实质上就是为了有效的处理中央政府和地方政府之间的事权和财权关系，通过划分税权，将税收按照税种划分为中央税、地方税（有时还有共享税）两大税类进行管理而形成的一种财政管理体制；
3、我国从1994年开始实行分税制；具体内容包括：将税种统一划分成中央税、地方税、中央和地方共享税；建起中央和地方两套税收管理体制，并分设了国税和地税两套税收机构进行这个纳税。在核定地方收支数额的基础上，实行了中央财政对地方财政的税收返还和转移支付制度等。
二、国税负责征收的税种：
负责征收管理的税种和征管范围
1．增值税；
2．消费税；
3．进口产品增值税、消费税、直接对台贸易调节税（委托海关代征）；
4．铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税和城市维护建设税；
5．出口产品退税；
6．中央企业所得税；中央与地方所属企、事业单位组成的联营企业、股份制企业所得税；2002年1月1日以后新办理工商登记、领取许可证的企业、事业单位、社会团体等组织缴纳的企业所得税；
7．地方和外资银行及非银行金融企业所得税；
8．证券交易税（未开征前先征收在证券交易所交易的印花税）；
9．境内的外商投资企业和外国企业缴纳的增值税、消费税、外商投资企业和外国企业所得税；
10．个体工商户和集贸市场缴纳的增值税、消费税；
11．储蓄存款利息所得个人所得税；
12．车辆购置税；
13．燃油税（暂未开征）；
14．中央税、共享税的滞、补、罚收入；
15．国家税务总局明确由国家税务局负责征收的其他有关税费。
三、地税负责征收的税种：
（不包括已明确由国家税务机关负责征收的地方税部分）：营业税、企业所得税、个人所得税、土地增值税、城镇土地使用税、城市维护建设税、房产税、城市房地产税、车船使用税、车辆使用牌照税、屠宰税、资源税、固定资产投资方向调节税、印花税、农业税、农业特产税、契税、耕地占用税、筵席税，城市集体服务事业费、文化事业建设费、教育费附加以及地方税的滞补罚收入和外商投资企业土地使用费。
涉及进出口业务就要交国税，交国税一定要交地税，反之未必
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