体细胞胚胎发生的方式有直接和间接两种。
一种是从培养中的器官、组织、细胞或原生质体直接分化成胚。如下胚轴、子叶、茎表皮等外植体细胞脱分化后，由表皮细胞经不等分裂，产生一个胚细胞和一个胚柄细胞，后者发育类似胚柄，前者进一步分裂，由原胚发育为成熟胚。在悬浮培养液中有各种类型的细胞，其中有一种细胞具有深厚的细胞质，液泡相对较小，保持旺盛的分裂能力，经多次分裂产生的多细胞间仍保持着联结，形成称为“胚性细胞团”的聚集团块。
一个胚性细胞团可以按照类似于合子胚的分段模式发育，也可以像愈伤组织细胞那样产生“胚胎发生丛”（embryogenicclump，简称EC），形成多个胚状体，并进一步在新培养基中发育成熟。
另一种是外植体先愈伤化，然后由愈伤组织细胞分化成胚。在愈伤组织中，可能出现液泡小、细胞质浓的小细胞，这种小细胞聚集为EC。EC的表面是高度分生组织化的细胞团。一个EC表面可产生大量的胚状体。有原培养基中，EC表面的胚状体不能进一步发育，但EC中心的细胞分裂和分离会促使EC崩溃。崩溃后分生性的表面细胞结合成群，又形成新的EC。EC在转入去除生长素、降低还原氮的新培养基后，才能完成胚状体的发育，以类似合子胚的分裂方式发育至成熟。
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